La phase d’exécution de la mission ou phase d’examen consiste à concevoir et mettre en œuvre les procédures d’audit prévues dans la phase de planification, modifiées si nécessaire au cours de la mission, et à en évaluer les résultats.

L’équipe de mission doit concevoir et mettre en œuvre des procédures d’audit de nature à lui permettre de recueillir des éléments probants suffisants et appropriés pour pouvoir tirer des conclusions raisonnables sur lesquelles fonder son opinion d’audit.